Epiklorohidrin toksiktir ve gözleri, cildi ve solunum sistemini tahriş edebilir. Uzun süreli maruziyet karaciğer, böbrekler ve sinir sistemi hasarı gibi daha ciddi etkilere yol açabilir. Ayrıca, potansiyel mutajenik özelliklere sahip olası bir insan kanserojeni olarak sınıflandırılır ve dikkatli kullanım ve koruyucu önlemler gerektirir.